Прошло десять лет с тех пор, как вирус почти стер человечество с лица земли. Обезьяны под предводительством Цезаря обосновались в густых лесах под Сан-Франциско, построили там своеобразный город и живут охотой, стараясь не вспоминать о людях. Они даже думали, что те вымерли, пока в лесу не появляется небольшая группа выживших. Этим людям позарез нужно запустить старую гидроэлектростанцию, которая находится на территории приматов, иначе их колония в городе останется без света и связи. Цезарь, который помнит доброту некоторых людей, разрешает им работать на плотине. Но в его стаде назревает раскол: Кобу, измученного экспериментами в лабораториях, трясет от одной мысли о сотрудничестве с бывшими мучителями. Он втайне следит за людьми, видит их оружие и убеждается, что те готовят нападение.
Обстановка накаляется, когда Кобу крадет винтовку и устраивает провокацию, подставляя людей и фактически совершая переворот в стае. Он стреляет в Цезаря, сваливает вину на пришельцев из города и ведет армию обезьян на штурм человеческого поселения. Начинается настоящий хаос с перестрелками и пожарами в центре разрушенного города. Пока Кобу устанавливает в стае диктатуру и запирает несогласных обезьян в клетки, раненому Цезарю помогают те самые выжившие люди, которые изначально просто хотели включить свет. Его прячут в доме, где он когда-то рос, пытаясь поставить на ноги. В итоге все сводится к неизбежному столкновению на верхушке недостроенного небоскреба, где Цезарю приходится драться со своим бывшим другом, чтобы остановить бессмысленную бойню, хотя доверие между двумя видами уже окончательно подорвано.
