Обезьяны во главе с Цезарем пытаются просто выжить в лесах, но люди не оставляют их в покое. Всё начинается с ночного нападения спецназа на их скрытую базу в пещере за водопадом. Погибают близкие Цезаря, и это ломает его привычное хладнокровие. Вместо того чтобы уводить стаю в безопасное место через пустыню, он решает выследить командира людей — фанатичного полковника, который обосновался на заброшенной военной базе в горах. По пути Цезарь встречает маленькую немую девочку и странную, почти облысевшую обезьяну из зоопарка, которая умеет говорить по-человечески. В итоге выясняется, что вирус мутировал: выжившие люди начинают терять дар речи и деградировать, из-за чего полковник устроил настоящую чистку среди своих же, чтобы остановить распространение болезни.
Когда Цезарь добирается до места, он видит, что его сородичи уже пойманы и превращены в рабов. Их заставляют без еды и воды строить стену, которая нужна полковнику вовсе не для защиты от обезьян, а для обороны от другой армии людей, идущей с севера. Цезарь сам оказывается в клетке, подвергается пыткам и наблюдает, как его вид медленно угасает от истощения. Пока в лагере царит хаос из-за приближающихся войск противника, обезьяны пытаются организовать побег через подземные туннели. Всё заканчивается масштабным обстрелом базы, лавиной, которая накрывает долину, и тяжелым переходом остатков стаи к обещанным землям, где нет людей. Цезарь доводит их до конца, хотя сам едва держится на ногах от полученных ран.
