Цезарь пытается выстроить подобие мирной жизни в лесном поселении, где обезьяны и люди сосуществуют, хотя до настоящего равенства там далеко. Обезьяны занимают руководящие позиции, а выжившие люди выполняют черную работу и обучают их грамоте. Внутри общины зреет раскол: горилла Альдо и его сторонники открыто ненавидят людей и мечтают о перевороте. Параллельно с этим Цезарь решает отправиться в руины Мертвого города, надеясь найти в старых архивах записи своих родителей, Корнелиуса и Зиры. Он хочет узнать правду о будущем, которое ждет их мир. Вместе с орангутаном Вирджилом и человеком Макдональдом они пробираются в радиоактивные развалины, не подозревая, что там все еще живут люди, которые мутировали под воздействием радиации и создали свой подземный культ.
Подземные жители воспринимают появление чужаков как акт агрессии и решают нанести ответный удар. Пока Цезарь переживает личную трагедию из-за козней генерала Альдо, армия мутантов выдвигается из города с тяжелым вооружением. В это время в самом лагере обезьян начинается хаос: Альдо провоцирует столкновения и пытается захватить власть силой, игнорируя закон о том, что обезьяна не должна убивать обезьяну. Все заканчивается масштабным столкновением в лесу, где примитивное оружие поселенцев встречается с технологиями прошлого. В гуще дыма и взрывов решается не только судьба конкретного города, но и то, смогут ли два вида окончательно договориться или они обречены на бесконечное истребление друг друга, пока не останется никого.
