Сюжет начинается с того, что еще один космический корабль разбивается в той же пустыне. Астронавт Брент выживает в этой катастрофе и сразу натыкается на немую девушку Нову. Он пытается выяснить, куда пропал Тейлор, и они вместе добираются до города обезьян. Там всё неспокойно: гориллы во главе с генералом Урсусом вовсю готовят военный поход в Запретную зону, потому что еды не хватает и нужно захватывать новые земли. Бренту приходится прятаться от патрулей, и в какой-то момент он вместе с Новой прыгает в пещеру, которая оказывается заброшенной станцией метро Нью-Йорка. Они идут вглубь по темным туннелям и постепенно понимают, что этот мертвый город под землей на самом деле обитаем, хотя всё выглядит как руины древней цивилизации.
В этих подземельях живут странные люди, которые за века мутировали от радиации. Они носят маски, скрывающие их настоящие лица, и обладают телепатией, заставляя чужаков видеть галлюцинации и нападать друг на друга. Брент обнаруживает, что эти люди поклоняются огромной атомной бомбе как божеству. Пока наверху армия обезьян прорывается через иллюзии мутантов и штурмует подземный город, Брент находит запертого в камере Тейлора. Внизу начинается настоящая бойня: гориллы врываются в святилище и расстреливают всех подряд, не разбираясь, кто перед ними. В этом хаосе, когда кругом кровь и всё рушится, Тейлор пытается доползти до пульта управления той самой бомбой, понимая, что иного выхода из этого кошмара уже не осталось.