Сюжет разворачивается вокруг активистов из движения «Flynn Lives», которые пытаются выяснить правду об исчезновении Кевина Флинна. Группа людей собирает старые видеозаписи, обрывки интервью и технические отчеты, чтобы доказать, что основатель корпорации не просто сбежал или погиб, а столкнулся с чем-то необъяснимым. В кадрах мелькают хакерские взломы, подпольные встречи и попытки пробиться через стену молчания официальных лиц Encom. Участники организации выглядят как обычные гики и идеалисты, но службы безопасности смотрят на них как на серьезную угрозу. Постепенно становится ясно, что их деятельность переросла в полноценное расследование, которое охватывает несколько десятилетий и выводит на след тех, кто годами скрывал данные о цифровой вселенной.
Внутри самой корпорации тоже не все гладко, там назревает конфликт из-за контроля над наследием Флинна. Показано, как Алан Брэдли пытается лавировать между интересами бизнеса и старой дружбой, пока активисты устраивают дерзкие акции, чтобы привлечь внимание общественности. Кадры сменяются записями с камер наблюдения и личными архивами, где проскальзывают странные упоминания о программе «Трон» и некой Системе. Ситуация накаляется, когда власти начинают классифицировать действия «Flynn Lives» как радикальные и даже террористические, хотя те просто ищут ответы в заброшенных залах игровых автоматов и старых серверных. В итоге история подводит к моменту, когда напряжение между прошлым компании и неизбежным будущим достигает предела, оставляя героев один на один с последствиями их поисков.
