Конг живет под огромным куполом на острове Черепа, где за ним постоянно присматривают ученые. Он уже вырос настолько, что старое место обитания ему явно жмет, и он постоянно кидает деревья в защитный экран. В это время Годзилла внезапно нападает на завод корпорации «Апекс» в Пенсаколе, хотя до этого он долго не проявлял агрессии к людям. Ученые решают перевезти Конга, чтобы он нашел вход в Пустую Землю — родину всех гигантов. Его везут на огромном авианосце, скованным цепями, и посреди океана на конвой нападает Годзилла. Начинается жуткая свалка: Конг пытается отбиваться на палубе, пока истребители взрываются вокруг, но в воде ящер явно сильнее. Людям приходится отключить все двигатели и притвориться мертвыми, чтобы Годзилла просто уплыл, посчитав врага побежденным. Девочка Джия, которая общается с Конгом жестами, помогает ему успокоиться после этого кошмара.
Когда экспедиция все же добирается до Антарктиды и спускается в дыру в земле, они попадают в перевернутый мир с другой гравитацией и странными летающими тварями. Конг находит там огромный тронный зал своих предков и заряжает топор от древнего источника энергии. В этот момент Годзилла, почувствовав всплеск силы из-под земли, прожигает своим дыханием дыру прямо из Гонконга до самого центра планеты. Конг выбирается наружу, и в неоновом городе начинается вторая битва. Конг прыгает по небоскребам, используя топор как щит от луча Годзиллы, но в итоге ящер просто впадает в ярость и буквально раздирает обезьяну, придавив ее лапой к земле. Выясняется, что «Апекс» все это время строили Мехагодзиллу, используя череп старого врага Годзиллы. Робот выходит из-под контроля и начинает избивать измотанного ящера. В последний момент люди реанимируют сердце Конга разрядом тока, и два гиганта на какое-то время объединяются, чтобы разнести железное чудовище на куски, после чего Конг уходит обратно в джунгли Пустой Земли.
