Сюжет крутится вокруг семьи ученых, которые оказались в самом центре разборок между гигантскими тварями. Женщина из организации «Монарх» разрабатывает устройство «Орка», способное через звуковые частоты как-то влиять на поведение этих существ. Её вместе с дочерью похищают эко-террористы, которые решили, что планету пора «перезагрузить», пробудив всех спящих титанов разом. Сначала из ледяной ловушки в Антарктиде выбирается огромный трехголовый дракон, Кинг Гидора, и сразу начинает наводить суету. Годзилла приплывает туда же, вступает в драку, но Гидора оказывается слишком сильным и улетает, вызывая по пути жуткие штормы. Ситуация быстро выходит из-под контроля, потому что по всему миру начинают просыпаться другие монстры, вроде огненного Родана, который вылетает прямо из вулкана в Мексике.
Военные пытаются вмешаться и запускают мощную ракету, надеясь убить обоих сразу, но в итоге только вредят Годзилле, а Гидоре вообще всё равно — он восстанавливает голову и начинает подчинять себе остальных титанов. Ученым приходится плыть в древний подводный город, чтобы вручную бахнуть там ядерный заряд и подпитать Годзиллу энергией, иначе он просто не вытянет следующий раунд. В это время в Бостоне начинается финальный замес. Мотра, такая гигантская светящаяся моль, прилетает на помощь Годзилле и жертвует собой, отдавая ему остатки сил. Годзилла буквально начинает плавиться от переизбытка энергии, сжигает всё вокруг огненными волнами и в конце концов отрывает Гидоре последние головы. Остальные монстры, которые наблюдали за этим со стороны, просто склоняются перед новым королем, потому что спорить с ним после такого уже никто не рискует.
