История начинается с аварии на японской атомной электростанции, которая за считанные минуты превращает жизнь целого города в руины. Спустя пятнадцать лет ученый, потерявший там жену, пытается докопаться до правды, считая, что катастрофа не была обычным землетрясением. Его сын, военный сапер, втягивается в это расследование, когда они пробираются в закрытую зону карантина. Там они обнаруживают, что правительство годами скрывало кокон огромного существа, которое питается радиацией. Монстр просыпается, разрушает исследовательский комплекс и улетает, создавая мощные электромагнитные импульсы, которые отключают всю электронику в округе. Военные пытаются отследить его перемещение через океан, но быстро понимают, что это не единственная угроза, скрывавшаяся в глубинах планеты.
В ответ на появление этого существа из океана поднимается нечто еще более масштабное — древний хищник, которого когда-то пытались уничтожить ядерными испытаниями в пятидесятых годах. Армия США пытается использовать ядерную боеголовку в качестве приманки, чтобы заманить монстров в одно место и подорвать их, но план идет наперекосяк. Огромные крылатые твари начинают строить гнездо прямо в центре Сан-Франциско, используя ракету как источник пищи для своего потомства. Пока город погружается в хаос, а солдаты пытаются вывезти опасный заряд из зоны поражения, Годзилла вступает в схватку с другими чудовищами. В небе летают обломки зданий, повсюду пыль и дым, а люди оказываются просто случайными свидетелями столкновения сил, которые невозможно контролировать или остановить обычным оружием.
