Сюжет закручивается вокруг команды ниндзя, которые после затишья снова вынуждены защищать свой город от странных угроз. Всё начинается с того, что герои немного расслабились, занимаясь повседневными делами, но появление древнего врага в облике огненной змеи Асфиры заставляет их быстро прийти в форму. Они теряют свои силы, ищут способы их вернуть, и это заводит их в самые неожиданные места, вроде заснеженного Далекого Королевства, где правит загадочный Ледяной Император. Кай, Ллойд, Зейн и остальные постоянно сталкиваются с тем, что их технологии или навыки дают сбой. Позже история переключается на цифровую реальность, когда старая видеоигра Prime Empire начинает затягивать людей внутрь себя. Героям приходится буквально менять свой облик на игровые аватары, чтобы добраться до финального босса. В какой-то момент акцент смещается на подземное царство Синтаро, где за внешним благополучием скрываются рабы-скелеты и мрачные пещеры. Ниндзя пытаются разобраться в хитросплетениях чужих конфликтов, попутно выясняя детали прошлого своих семей. Постоянно происходит какая-то суматоха: то они сражаются с морскими монстрами в глубинах океана, то пытаются спасти своего наставника из параллельного измерения. Важно, что они не всегда действуют слаженно, часто спорят и ошибаются, что только добавляет проблем при столкновении с очередным противником, решившим переделать мир под себя.
