Джо Армстронг и его напарник Кертис Джексон оказываются на небольшом острове в Карибском море. Командование отправило их туда выяснить, почему на местной базе один за другим пропадают морские пехотинцы. На месте всё выглядит странно: официальные лица пожимают плечами, а патрули просто растворяются в воздухе. Во время прогулки по побережью на героев нападают люди в масках, которые двигаются подозрительно ловко. Оказывается, за похищениями стоит местный делец по кличке Лев. Он не просто торгует запрещенными веществами, а обустроил в старой крепости целую лабораторию. Там он держит похищенных солдат и пытается превратить их в послушных воинов-ниндзя, используя какие-то медицинские манипуляции и генную инженерию. Джо понимает, что против него выставят не обычных бандитов, а профессионально обученных бойцов, которые не знают страха.
В какой-то момент к делу подключается Алисия, дочь профессора, которого Лев заставляет работать над своими экспериментами. Она помогает Джо и Джексону пробраться на охраняемую территорию, чтобы вытащить её отца и оставшихся в живых пехотинцев. Обстановка накаляется, когда выясняется, что армия ниндзя уже готова к действию и их там целые сотни. Героям приходится пробиваться через лесные заросли и укрепленные посты, используя всё, что попадается под руку, от обычных ножей до сложных ловушек. На острове начинается настоящая заваруха: взрывы, бесконечные стычки на мечах и погони. Джо приходится вспомнить все свои навыки, чтобы добраться до главного штаба и остановить производство этих синтетических бойцов, пока Лев не успел переправить их с острова. Финал сводится к масштабной потасовке в логове врага, где всё решается в прямом столкновении с превосходящими силами противника.
