Марио едва успел привыкнуть к мирной жизни после заварушки в Бруклине, как на горизонте замаячили новые проблемы. На этот раз Боузер-младший решил не просто повторить путь отца, а объединился с Варио — парнем довольно неприятным и жадным до власти. Они начали стягивать силы где-то на окраинах Грибного королевства, и поначалу всё выглядело как мелкие набеги, но быстро стало ясно, что затевается нечто масштабное. Марио приходится снова собирать старую компанию, включая Пич и Луиджи, хотя тот всё ещё заметно нервничает при виде опасностей. К ним прибивается Йоши, который постоянно отвлекается на еду, но в нужные моменты оказывается незаменим. Эта странная группа пытается выяснить, куда пропали важные артефакты, пока Варио перекраивает границы под себя.
Обстановка накаляется, когда выясняется, что альянс злодеев добрался до технологий, позволяющих перемещаться между мирами гораздо быстрее, чем раньше. Марио и Йоши носятся по разным локациям, пытаясь предугадать следующий шаг Боузера-младшего, который явно хочет превзойти достижения своего родителя. В какой-то момент герои оказываются втянути в погоню на странных летающих платформах, где всё искрит и рушится прямо под ногами. Варио постоянно строит козни, пытаясь обмануть даже своего напарника, из-за чего в лагере врагов царит полная неразбериха. Пока Тоады пытаются укрепить оборону замка, Марио лезет в самое пекло, чтобы помешать запуску какой-то огромной машины, способной перевернуть всё вверх дном. Постоянно что-то взрывается, Йоши путается под ногами, а времени на раздумья почти не остается, так как вражеский флот уже висит прямо над головой.