Питер Паркер только-только перешел в десятый класс, и его жизнь — это сплошная попытка усидеть на двух стульях. Днем он обычный подросток, который постоянно опаздывает на уроки, пытается разобраться в отношениях с Гвен Стейси и Мэри Джейн, а по вечерам натягивает костюм и прыгает по крышам Нью-Йорка. Весь сюжет крутится вокруг того, как он учится справляться с силами, которые достались ему после того злополучного укуса на экскурсии. Дяди Бена уже нет, и Питеру приходится самому додумываться, как помогать тете Мэй с оплатой счетов, при этом не выдавая свою тайну. Он постоянно разрывается между подготовкой к контрольным в школе Мидтауна и схватками с преступниками, которые лезут из всех щелей. Кажется, что город просто сходит с ума: мелкие бандиты быстро сменяются кем-то посерьезнее, и парню приходится буквально на лету изобретать тактику боя.
В городе объявляется некий Большой Босс, который начинает наводить свои порядки, из-за чего на улицах становится совсем неспокойно. Питеру приходится сталкиваться с Доктором Октопусом, Песочным человеком и Рино, причем каждый из них оказывается крепким орешком. Ситуация осложняется, когда его лучший друг Гарри Озборн начинает вести себя странно, а в тени маячит Зеленый Гоблин, который постоянно путает карты. Паук пытается совмещать работу фотографом в газете, где шеф его вечно распекает, со сложными научными проектами в лаборатории Коннорса. Там тоже все идет наперекосяк — эксперименты с регенерацией приводят к появлению Ящера, и Питеру приходится биться с тем, кого он искренне уважал. К середине истории на него наваливается еще и эта черная субстанция из космоса, которая меняет его костюм и характер, заставляя совершать поступки, о которых он потом жалеет. Все это превращается в плотный узел из личных обид, школьных драм и бесконечных погонь за врагами, которые знают его слабые места.
