Археологи Элизабет Шоу и Чарли Холлоуэй находят на разных континентах древние наскальные рисунки, которые указывают на одни и те же координаты в далеком космосе. Они убеждают корпорацию профинансировать экспедицию на корабле «Прометей», веря, что там живут Создатели человечества. Приземлившись на пустынной луне LV-223, команда находит гигантское сооружение, похожее на купол, внутри которого сохранились тела исполинских существ и странные черные капсулы с темной жидкостью. Пока андроид Дэвид тайно экспериментирует с этим веществом, подливая его в напиток Чарли, выясняется, что это место не дом богов, а заброшенный военный склад или лаборатория для создания биологического оружия. Из-за начавшейся бури и неосторожности исследователей пробуждаются мутации: черви превращаются в агрессивных тварей, а зараженные люди начинают сходить с ума. В глубине базы обнаруживается последний выживший Создатель в состоянии криосна, но вместо ответов на вопросы он проявляет ярость. Команда осознает, что эти существа планировали лететь к Земле, чтобы уничтожить людей с помощью того самого груза в капсулах. Шоу приходится самой проводить себе операцию, чтобы извлечь инородный организм, пока остатки экипажа пытаются протаранить взлетающий корабль пришельцев, чтобы не дать ему покинуть орбиту. В финале Шоу и голова робота Дэвида остаются единственными, кто пытается улететь на другом инопланетном судне, чтобы всё-таки выяснить причины такой ненависти их создателей к своему творению.
