Итан Хант оказывается в ловушке прямо в тот момент, когда его организацию закрывают из-за давления ЦРУ. Его похищают в Лондоне какие-то серьезные люди, которые называют себя Синдикатом. Это бывшие оперативники из разных стран, которых все считали погибшими или пропавшими. Итану удается сбежать только благодаря помощи загадочной женщины по имени Ильза Фауст, которая вроде бы работает на врага, но при этом помогает ему выбраться из пыточной. Теперь Хант в розыске как беглец, а его друзьям в Вашингтоне приходится отвечать на неудобные вопросы. Тем временем Синдикат начинает убирать политических лидеров по всему миру, устраивая теракты и аварии. Итан выходит на связь с Бенджи, и они отправляются в Вену, чтобы предотвратить покушение прямо во время оперы. Там всё идет наперекосяк, Ильза снова ведет двойную игру, и становится понятно, что ей нельзя доверять до конца. Дальше события перемещаются в Марокко, где спрятан зашифрованный список всех агентов Синдиката. Итану приходится задерживать дыхание на несколько минут под водой в огромном охлаждающем резервуаре, чтобы взломать систему безопасности. За ними гонятся на мотоциклах по горным серпантинам, все пытаются перехватить флешку, которая в итоге оказывается пустышкой или защищена кодом, который знает только премьер-министр Великобритании. В конце концов вся команда собирается в Лондоне, чтобы выманить главу Синдиката, используя его же методы против него самого, хотя до последнего момента неясно, на чьей стороне Ильза и получится ли у них обмануть систему, которая официально их уже не существует.
