Нью-Йорк плотно прижали боевики из клана Фут, которые грабят порты и терроризируют улицы, пока полиция просто разводит руками. Журналистка Эйприл Онол пытается выследить преступников и случайно видит в доках, как кто-то огромный раскидывает бандитов в темноте. Она начинает копать глубже и в итоге сталкивается в метро с четырьмя огромными черепахами-мутантами. Оказывается, эти парни живут в канализации вместе со своей крысой-наставником Сплинтером, занимаются боевыми искусствами и едят пиццу. Выясняется странная деталь: Эйприл узнает в них своих домашних питомцев из детства, над которыми её отец проводил эксперименты в лаборатории перед пожаром. Теперь черепахам приходится выйти из тени, потому что за ними охотится Шреддер в навороченном стальном костюме с кучей лезвий.
В какой-то момент Сплинтер оказывается тяжело ранен, а троих братьев похищают и увозят в заснеженное поместье богача Эрика Сакса, который работает заодно со Шреддером. Злодеи хотят выкачать из мутантов кровь, чтобы создать сыворотку и заразить город смертельным вирусом, а потом продавать лекарство и заграбастать власть. Эйприл вместе со своим ворчливым оператором Верном помогает Рафаэлю пробраться на базу, чтобы вытащить остальных. Начинается безумная погоня на грузовиках по снежному склону, где черепахи используют свои панцири как щиты. Всё заканчивается большой дракой на крыше небоскреба в центре города, где им нужно успеть остановить таймер и не дать распылить отраву с башни, пока Шреддер пытается буквально порезать их на куски своими механическими когтями.
